Si trattò di un cantiere lungo, che potè terminare solo ai primi del Settecento grazie a una nuova donazione, dovuta al capitano algherese dell’esercito spagnolo Jeronimo Ferret. Nel 1774, dopo lo scioglimento della Compagnia del Gesù da parte del Papa Clemente XIV, il complesso venne abbandonato e il collegio adibito a caserma.
I Gesuiti tornarono ad Alghero solo nel 1950, riacquistando una parte dell’edificio che infatti oggi ospita un centro associativo e una biblioteca. La particolarità dell’edificio della Chiesa di San Michele sta nel fatto che presenta una pianta obliqua (e non perpendicolare) rispetto all’asse stradale, probabilmente perché segue, almeno in parte, l’andamento della chiesa preesistente. La muratura è liscia e ritmata esclusivamente da tre ampie finestre rettangolari per l’illuminazione dell’interno.
Il portale ligneo della Chieda di San Michele è architravato e sormontato da un bassorilievo in marmo raffigurante l’Annunciazione.
L’interno della Chiesa è a navata unica con volta a botte.
All’esterno la cupola, dotata di lanterna, è decorata con tegole policrome realizzate su disegno di Antoni Simon Mossa e Filippo Figari intorno alla metà del Novecento.