La presenza umana nell'isola di Bali risale alla preistoria. Le prime tracce storiche identificate nell'isola di Bali sono cocci con iscrizioni braminiche, databili intorno al I secolo a.C., che testimoniano l'arrivo di popolazioni indù nell'isola.

Nel 1343 l'Impero Majapahit, che era insediato nella parte orientale di Giava, fondò una colonia a Bali. L'isola venne nuovamente menzionata su testi giavanesi tra il 1059 e il 1205 nel Nagarakertagama, poema epico scritto nel 1365 sotto il regno del re Hayam Wuruk dell'Impero Majapahit (1350-1389).

L'arrivo degli Europei - Storia Bali

L'esploratore olandese Cornelis de Houtman sbarcò nel 1597 stabilendo il primo contatto con l'occidente.
Bali non partecipò direttamente ai traffici commerciali che animavano l'arcipelago, ma divenne esportatrice di cotone, riso, bestiame e selvaggina. La fondazione di Batavia (l'odierna Jakarta) da parte della compagnia olandese nel 1619 e l'apertura del mercato degli schiavi fu un'occasione per i principi balinesi di vendere i loro prigionieri di guerra.

Gli olandesi non si interessarono a Bali fino all'inizio del XIX secolo. In quel periodo, l'economia dell'isola era basata essenzialmente sul commercio degli schiavi e l'aristocrazia balinese ne vendeva oltre 2.000 ogni anno, in cambio di armi e oppio di cui vi era un grande consumo.

Si dovette attendere il 1840 perché gli olandesi, approfittando delle rivalità tra i regni balinesi, riuscissero con un'operazione congiunta navale e terrestre ad occupare prima la regione di Sanur e poi Denpasar. Gli eserciti balinesi, inferiori sia per numero che per armamenti, lanciarono un definitivo attacco suicida che si stima sia costato oltre 4.000 vittime. Il dominio olandese dell'isola, comunque, esercitò sempre un'influenza lieve, consentendo che permanesse il controllo locale sulla religione e la cultura. Dalla Seconda Guerra Mondiale a oggi
Durante la Seconda Guerra Mondiale, Bali venne occupata dai Giapponesi. Durante tale occupazione, l'ufficiale balinese Gusti Ngurah Rai (eroe nazionale amatissimo, da cui anche il nome dell'aeroporto) organizzò un "esercito di liberazione". A seguito della resa del Giappone dell'agosto 1945, i Paesi Bassi ripristinarono in Indonesia, e quindi anche a Bali, il governo coloniale esistente prima della guerra. I ribelli balinesi si opposero utilizzando le armi abbandonate dai giapponesi.

Il 20 novembre 1946 il colonnello ventinovenne Gusti Ngurah Rai scagliò le forze ribelli nella Battaglia di Marga, contro le truppe olandesi. L'esercito balinese venne completamente annientato e terminò così ogni ulteriore resistenza. Il 29 dicembre 1949 i Paesi Bassi riconobbero l'indipendenza della Repubblica degli Stati Uniti di Indonesia e nel 1956 Bali rinunciò all'unione con i Paesi Bassi divenendo ufficialmente una provincia dell'Indonesia.

Il 12 ottobre 2002, un attacco terroristico compiuto con un'auto bomba in un locale di Kuta ha ucciso 202 persone, prevalentemente turisti stranieri, tra cui un italiano. Il 1 ottobre 2005 un secondo doppio attacco terroristico contro turisti avvenuto sia nei pressi della Baia di Jimbaran che nel centro di Kuta ha causato decine di vittime.